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- 1952.06.04. 교육자치제 실시로 목포교육청 발족 (2과:학무과,서무과)
- 1964.01.01. 서무과를 관리과로 변경 (2과 5계)
- 1973.01.17.중학교 지도감독권을 교육장이 관장 (공립6교, 사립6교)
- 1976.09.04.학무과에 사회 체육계 신설 (2과 6계)
- 1977.01.20.목포시 명륜동 10번지로 교육청사 신축 이전
- 1979.08.07.관리과에 서무계 신설 (2과 7계)
- 1991.03.26.지방교육 자치에 관한 법률 시행으로 기관명칭 변경(전라남도목포교육청)
- 1995.03.08.목포시 죽교동 300번지로 교육청사 임시 이전
- 1996.07.02.목포시 상동 972번지 현청사로 신축이전
- 1998.04.28.학무과를 교육과로 변경
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